公務員の病気休暇90日後はどうなる？休職給8割から傷病手当金までの全手順

「病気休暇（療養休暇）に入ってから、もうすぐ2ヶ月…」
「90日（3ヶ月）過ぎたら、給料や手続きはどうなるんだろう…」

せっかく療養に入ったのに、カレンダーを見るたびに「90日のリミット」が近づいてきて、焦りや動悸がしていませんか？

こんにちは、なすです！
私も約20年勤めた職場で、中間管理職の板挟みから「ストレス障害」になり療養休暇に入ったとき、「このまま90日で治らなかったら、家族や住宅ローンをどうすればいいんだ…」と、毎日お金と制度のことばかり検索していました。

でも、結論から言うと「90日を過ぎて『休職』に切り替わっても、いきなり収入がゼロになることはありません！」

公務員には、最大1年間の「休職給（8割支給）」や、共済組合の「傷病手当金」という、民間企業と比べても手厚いセーフティネットが用意されています。

この記事では、病気休暇が90日を過ぎたあとの「お金と手続きのタイムライン」を、私の実体験を交えてわかりやすく解説します。焦って無理な復職をしてしまう前に、まずは心を落ち着かせるお守りとして読んでみてくださいね。

結論：公務員の病気休暇90日後の「お金と期間」早見表

まずは、一番気になる「いつまで、どれくらいのお金がもらえるのか？」という全体像を早見表にまとめました（※一般的な地方公務員・国家公務員の基準です）。

期間（ステップ）	制度の名称	もらえるお金（目安）	支給元・特徴
① 1日目〜90日目 （最初の3ヶ月）	病気休暇 （療養休暇）	給与の100%（満額）	職場（自治体）から通常の給料として支給。ボーナスへの影響も最小限。
② 91日目〜1年90日目 （休職1年目）	分限休職 （休職給）	給与の80%	ここから「休職」扱い。1年間は職場から8割の休職給が支給される。
③ 休職2年目〜約2年半 （通算約1年半の間）	分限休職 （傷病手当金）	標準報酬の約3分の2 （約66%・非課税）	職場からの給与がストップし、共済組合から「傷病手当金」が支給される。
④ それ以降〜最大3年 （休職満了まで）	分限休職 （無給期間）	原則0円 （※付加金がある場合も）	共済組合によっては独自の「傷病手当金付加金（さらに半年）」が出る場合あり。

このように、公務員は90日の病気休暇が終わったあとも、最大3年間の身分保障（クビにならない期間）があり、そのうち約2年半近くは80%〜約66%の収入が途切れずに入ってくる仕組みになっています。

① 〜90日まで（病気休暇）：お給料は100%満額支給

最初の90日間（自治体によっては「療養休暇」「傷病休暇」と呼ばれます）は、有給休暇と同じように給料が100%満額出ます。
「まずはこの90日間でしっかり休んで治そう」という期間ですが、長年我慢して積み重なったメンタル不調やストレス障害は、3ヶ月で完治しないことも珍しくありません。

② 91日目〜1年間（休職1年目）：給料の「80%」が支給される（休職給）

病気休暇が90日を超えると、91日目からは正式に「休職（分限休職）」というステータスに切り替わります。
「休職になったら無給になるの！？」と怖がる方が多いのですが、安心してください。休職に入ってから最初の1年間は、お給料の80%（休職給）が毎月これまで通りの給料日に振り込まれます。

③ 休職1年超〜（休職2年目以降）：共済組合から「傷病手当金（約3分の2）」が支給される

もし休職が1年を超えて2年目に入った場合は、職場からのお給料（休職給80%）がストップします。
その代わりに、今度は共済組合から「傷病手当金」として、これまでの給与（標準報酬日額）の「約3分の2（約66%）」が支給されます。

しかも、この傷病手当金には「所得税がかからない（非課税）」という大きなメリットがあります！そのため、額面は約66%でも、実際の手取り感覚としては80%の休職給のときと大きく変わらないケースが多いんです。

病気休暇から「休職（分限休職）」へ切り替わるときの手続き3ステップ

「90日が過ぎるとき、職場に行って難しい手続きをしなきゃいけないのかな…」と不安になりますよね。
実際の手続きはとてもシンプルで、基本的には職場へ直接出向かなくても「郵送」や「メール」で完結できます。

ステップ①：病気休暇が１か月を超えた頃に上司・人事課から確認の連絡が来る

病気休暇の開始から１か月ほど経つと、上司や人事担当者から「その後の体調はどうですか？」「90日を過ぎる場合は休職の手続きに入りますが、次回の受診日はいつ頃ですか？」といった確認の連絡が入ります。

休職の手続きには時間がかかる場合が多いので、私の場合も１か月を超えたあたりで所属の担当者の方から連絡がありました。

※電話で話すのが辛い場合は、あらかじめ「体調不良のためメールでご連絡いただけますと幸いです」と伝えておけば、文章でのやり取りだけで進められます。

ステップ②：主治医の「診断書」を提出する（２名分必要な自治体も）

引き続き療養が必要な場合は、心療内科・精神科の主治医に「まだ休養が必要である」旨の診断書を書いてもらい、職場へ郵送（または提出）します。

ここで1つだけ知っておきたいのが、自治体によっては「病気休暇から休職に切り替わるときだけ、医師2名の診断書（主治医＋産業医や指定医など）が必要」というルールがある点です。
こればかりは職場の規定によるので、人事からの案内メールに「主治医の診断書だけでOKか、指定医の受診が必要か」が必ず書かれています。その指示通りに動けば大丈夫です。

私の場合も２通必要だったので、かかりつけ医の先生から診断書と紹介状を書いてもらって、別の病院で同じ内容の診断書を書いてもらいました。

ちなみに、所属の担当者は同じようなケースをよく知っているので、もうひとつの病院はその担当者から教えてもらいました。病院の先生も公務員の休職制度に慣れている先生もいればそうではない先生もいると思うので、もし担当者と話しができるのであれば相談してみるといいと思います。

ステップ③：「休職発令（辞令）」を受け取る

書類が受理されると、91日目から「休職を命ずる」という辞令（発令通知書）が出ます。
昔の堅い職場だと「辞令は直接取りに来るように」と言われることもありましたが、今はメンタル不調の職員に配慮して「自宅への郵送（書留など）」で対応してくれる自治体がほとんどです。無理に出勤する必要はありませんので安心してくださいね。私も郵送でお願いしました。

【要注意】休職給80%や傷病手当金になっても引かれる「税金・共済掛金」

お金の面で、私が休職中に「これは事前に知っておいてよかった！」と痛感した最大の注意点をお伝えします。
それは、「お給料が8割や傷病手当金に減っても、住民税や社会保険料（共済組合掛金）はこれまで通り引かれ続ける」ということです。

休職1年目（80%支給）の実質手取りは「いつもの6〜7割」のイメージ

住民税は「前年の年収」に対して計算されるため、休職して収入が減っても、今年の住民税は1円も安くなりません。
また、健康保険や厚生年金にあたる「共済組合の掛金」も免除にはならないため、80%の休職給からそれらが天引きされると、銀行口座に振り込まれる手取り額は「普段の6割〜7割くらい」になります。

傷病手当金（無給期間）に入ると「口座引き落とし・振込」が始まる

さらに、休職2年目に入って職場からの給与がストップし「傷病手当金」に切り替わると、給料からの天引きができなくなります。
すると、職場や自治体から「毎月の住民税や共済掛金を、指定口座に振り込んでください（または口座から引き落とします）」という通知が届くようになります。

「90日で無理に復職」が一番キケン！制度を使い切って心を守る考え方

真面目な公務員の方ほど、「休職になると人事記録に残るから、なんとしても90日以内に復職しなきゃ…！」と自分を追い込んでしまいがちです。
でも、経験者としてハッキリ言わせてください。体調が戻っていないのに「90日の壁」を気にして無理に復職するのが、一番キケンです！

中途半端に戻ると「日数通算ルール」ですぐ休職になるリスクがある

多くの自治体には、病気休暇の「通算（合算）ルール」があります。
たとえば、「90日ギリギリで無理して復職したけれど、やっぱり動悸がして1ヶ月後にまた休んでしまった」という場合、新しくまた90日の病気休暇がもらえるわけではなく、「前回の90日の続き（＝即・休職）」としてカウントされてしまうんです（※復職後6ヶ月〜1年間は無欠勤で勤務しないとリセットされない自治体が一般的です）。

無理をして戻って再発すると、「またダメだった…」と心が二重に傷ついてしまいます。90日で治らないのはあなたのせいではありません。堂々と「休職（8割支給）」に切り替えて、心が回復するまでしっかり休むのが正解です。

復職するときは「希望降任制度」をセットで使うと再発を防げる！

もしあなたが、私と同じように「係長などの中間管理職の板挟み」や「重すぎる責任」で倒れてしまったのなら、休職から戻るときに「希望降任制度（きぼうこうにんせいど）」を使って役職を降りるという選択肢もぜひ知っておいてください。

同じ重圧のポストに戻れば、誰だってまた苦しくなってしまいます。公務員の身分を守ったまま、役職だけを下りて心穏やかに働くルートはこちらで詳しく解説しています👇

休職が長引いても焦らないために！私が作った「資産5,000万円」のお守り

公務員の休職制度は本当に手厚いですが、それでも「お給料が8割や3分の2に減ったら生活できるかな…」「もしこのまま復職できなかったらどうしよう…」という不安は消えないものですよね。

お給料以外の「自分の資産」があれば、いつでも休める・逃げられる

私がストレス障害で療養に入ったとき、パニックにならずに「どれだけ休職が長引いても大丈夫だ」と心から安心できた最大の理由は、15年かけてコツコツ積み立ててきた「5,100万円の資産（インデックス投資）」があったからでした。

たとえば、新NISAを使って全世界株式（オール・カントリー）やS&P500などのインデックスファンドを少しずつ育てておけば、万が一休職して収入が8割に減っても、運用益や資産が家族の生活をしっかりと支えてくれます。

「いま休職中でそれどころじゃないよ」という方は、まずはゆっくり休むのが最優先です！
そして、少しずつ心が落ち着いて「将来のために、お給料以外の『お守り』を作っておきたいな」と思えるようになったら、スマホでできるほったらかし投資の準備から始めてみてくださいね。

まとめ：公務員の制度は日本で一番手厚い！安心して心と体を休めよう

今回は、公務員の病気休暇が90日を過ぎたあとの「休職給（8割）」や「傷病手当金」の仕組みについてお話ししました。

• 90日を過ぎて「休職」になっても、1年間はお給料の80%が支給される
• 休職2年目以降も、共済組合から「傷病手当金（約3分の2・非課税）」が出る
• 住民税や共済掛金は引かれ続けるので、手取りは「普段の6〜7割」と見積もっておく
• 「90日の壁」を気にして無理に復職するより、しっかり休んで完治させることが最優先！

公務員の休職・療養制度は、あなたがこれまで真面目に働き、毎月欠かさず共済組合の掛金を払ってきたからこそ使える「正当な権利（保険）」です。

90日で治らなくても、自分を責める必要は1ミリもありません。
「お金も身分もしっかり守られているんだ」と安心して、まずは時計やカレンダーを見るのをやめて、あなたの心と体をたっぷり休ませてあげてくださいね。応援しています！

※本記事は筆者の地方公務員としての実体験および一般的な地方公務員制度・共済組合制度に基づき解説しています。病気休暇の日数通算ルール、休職給の支給期間、必要となる診断書の枚数等は自治体（都道府県・市区町村・警察本部等）の条例・規則により異なる場合がありますので、実際の手続きにあたってはご自身の職場の総務・人事担当課または共済組合のしおりをご確認ください。